Osmanlı devletinin farklı beyliklere farklı davranmasındaki sebep siyaset usulü ile hâkimiyet sağladığı bölgelerde bu egemenliği devam ettirmek, gazaya devam edebilmek için Anadolu’yu sakin tutmaktır. Ancak I. Murat’ın 1389’da vefatı sonrası tahta çıkan Yıldırım Bayezid döneminde Anadolu’da bulunan Türk beyleri yeniden ayaklanmıştır. Ayrıca Bizans da Selanik başta olmak üzere bazı yerleri geri almıştır.
Yıldırım Bayezid kontrolü ele geçirdikten sonra Aydın, Saruhan, Menteşe, Hamid ve Germiyan beyliklerinin kalan kısımlarını bir yıl gibi kısa bir sürede işgal etmiştir. Ayrıca Karaman oğlu beyliğinin üzerine yürüyerek barışa zorlamıştır. Ancak Karaman oğlu dışında en kuvvetli rakip olarak karşısına Sivas Sultanı Kadı Burhaneddin çıkmıştır. Yıldırım Bayezid Osmanlının Anadolu’daki hâkimiyetini tekrar kurduktan sonra yönünü batıya çevirmiştir. Bu faaliyetleri Yıldırım Bayezid’e “Gaziler Sultanı” unvanı verilmesini sağlamıştır. 1398 tarihine geldiğinde ise Yıldırım Bayezid Anadolu ve Rumeli’deki küçük beylikleri ortadan kaldırarak kısa zaman içerisinde merkeziyetçi bir devlet kurmuştur.
Küçük devletleri ve beylikleri devletin himayesi altına alarak kendi bünyesine katabilmiştir. Ancak büyük beylik ve devletler ile ise anlaşma ve barış yolunu tercih etmiştir. Yıldırım Bayezid Türk beylikleri üzerindeki bu siyasetini tamamladıktan sonra hızlı ve şiddetli bir şekilde Balkanlar’da Macaristan’ın üzerine yürümüştür. Ayrıca Çanakkale’de bir deniz üssü kurarak boğazların kontrolünü de ele geçirmiştir. Bu hareketleri ile sadece Hıristiyan âlemini tehdit etmekle kalmamış Moğol Hükümdarı ve aksak olarak anılan Timur’a ve Mısır’da kurulmuş olan bir Türk devleti olan Memlüklülere de karşı çıkmıştır. Nihayet Timur ile Ankara civarında Çubuk ovasında karşı karşıya gelerek yenilmiş ve 28 Temmuz 1402’de esir düşmüştür.