Doğal sınıflandırma, canlıların bulundukları ortam, yaşayış şekilleri gibi kaba detaylarından ziyade derinlemesine incelenmesi anlamına gelmektedir. Detayların bu derece olması da sınıflandırmayı değiştiren etkenlerdir. Sınıflandırma iki farklı şekilde yapılır ve bunlardan biri doğal sınıflandırma bir diğer ise yapay sınıflandırmadır.
Yapay sınıflandırma da bu bahsedilen özelliklere dikkat edilmez. İnsanların ortak özelliklerinin bulunması birbirleri ile akraba olması anlamına gelmediği gibi canlılar arasındaki bu benzerlikte aynı aileye ait olduklarını göstermez. Ancak bazı ince detaylar vardır ki bu detayların olması gereklidir. Canlıların sınıflandırılması mevcut olan bilginin doğru ifadesini sağlar. Canlıları sınıflandırırken sadece işleyiş değil aynı zamanda öğrenme ve tanıma da gelişir. İnsanlarda olduğu gibi, kimlik verilmesi bir kişinin ne olduğu gösterir. Aynı durum hayvanlarda da mevcuttur.
Geçerli ve kabul görülen filogenetik sınıflandırma, esasları ile hayatımızda yer etmektedir. Hazırlanan kitaplar, yazılan makaleler ve bunun gibi birçok şey, filogenetik sınıflandırma ile bağdaşmaktadır. Sadece analog organların kriter olarak alınması, yapay sınıflandırma içerisine girmektedir. Ancak doğal sınıflandırma da bu konu daha detaylı incelenmektedir. Sınıflandırma yapılırken uygulanan ilkeler, kurallar ve adlandırmalar oldukça önemlidir. Bu iki sınıflandırma çeşidinde olan mevcut farklılıktan kaynaklı olarak, devam eden bu süreç ortak bir dil ve birime ihtiyaç duymaz. Gelişi güzel şekilde devam eden bu sınıflandırma sürecine, doğal sınıflandırma dahil edilmez.