Doğal sınıflandırma, canlıların belirli bir yere ait olduğunu göstergesidir. Bu durum hangi canlı hangi aileden, bunun anlaşılmasını sağlar. Canlılar sınıflandırılırken belirli kriterler baz alınmaktadır. Bu kriterlere detaylı olarak bakıldığında, hayatın kolaylık sağlaması amaçlanmaktadır.
Doğal sınıflandırma yapılırken dikkat edilmesi gereken hususlar, canlıların hangi özelliklerinden faydalanılarak yapıldığıdır. Çünkü bu özelliklere bağlı kalınması, farklılık yaratmaktadır. Bu durum oldukça önemli bir durumdur ve bilim insanları bunun bilincinde olarak sınıflandırma yaparlar. Bununla birlikte gelişim gösteren taksonomi bilimi gelişimden çok farklılıklarla ilgilenir. Çünkü farklılıklar canlıyı esas kılan ayrıntılardır. Sınıflandırma birçok şekilde yapılmaktadır. Aristo’ya göre yapılan sınıflandırmada, bitkiler basit otlar çalılar şeklinde hayvanlar ise yaşam biçimlerine göre sınıflandırılmıştır. Oldukça basit gerçekleşen bu sınıflandırma sadece görsele dayanılarak yapılmıştır. Yaşam ortamları gözlenen doğal sınıflandırmanın ilk temsilcisi Aristo olmaktadır.
Bunun dışında gün geçtikçe bilgiler güncellenmekte ve asıl sınıflandırmanın aslında genelden ziyade özelde olduğu bilinmektedir. Sınıflandırma yapılırken:
– Homolog yapı
– Analog yapı
– Protein dizi benzerliği
– Fizyolojik (işleyiş, görüntü) benzerlik
– Boşaltım atıklarının benzerliği gibi konular üzerinde ağırlıklı olarak durulmaktadır. Bunlar arasında bağlantı kurulması oldukça nemli bir durumdur ve sınıflandırmanın temelini oluşturur. Sınıflandırma yapılırken kabadan ince detaya doğru gidildikçe en fazla benzerlik dna, protein gibi daha küçük yapılı moleküllerin benzerliğine dayanmaktadır. Embriyonik gelişim sürecine bakıldığında, son yapılan çalışmalara göre farklı akrabalık dereceleri de bulunmuştur.